生物安全櫃的選用，首先必須符合使用場所的生物安全等級（Biological Safety Level, BSL），再者則考慮作業流程的需求及場地空間等工程上限制挑選合適的安全櫃類型。歐美幾先進大國在生物安全層級分類上各有相關規範，雖然若干定義上稍有不同，但對於危害等級分類的範疇卻十分接近，國內現行的規範主要依循國科會制定的「基因重組實驗守則」[2]，其內容是參考美國國家衛生院（NIH） 於 1997 年出版的「DNA 分子重組研究指引（ NIH Guidelines For Research Involving Recombinant DNA Molecules）」[3]，將實驗規模 20 公升以下的培養分為 P1 至 P4四級，20 公升以上的則分為 LS-C、LS-1、LS-2 三級，然而其適用範圍僅限於基因重組實驗。
除基因重組實驗的規範外，美國國家衛生院於 1993 年亦與疾病管制中心
（CDC）聯合針對微生物及其實驗室訂出生物安全等級的分類，針對各病原體對人體、環境的危害程度分為四大類，詳細分類內容可參考其出版之「微生物學級生醫實驗室生物安全（Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories, BMBL）」[3]一書，茲以此為例整理生物安全等級分類及操作準則如下：

1. 生物安全第一類：生物病媒不會引致健康成人、動物產生疾病或者環境危險。實驗室無須與建築物中的一般區域隔離，一般不需特殊防護的設備及設施， 但工作人員仍應接受實驗操作的特別訓練。
2. 生物安全第二類：生物病媒可能會引致健康作業員、動物產生疾病或環境之中度風險。工作人員需受過使用致病物質的特殊訓練並由適任的專家指導， 同時工作進行中應有門禁管制；需特別小心受污染的尖銳物品，可能產生氣膠或濺灑的操作程序，應使用生物安全櫃或各式物理性防護設備。
3. 生物安全第三類：生物病媒可能產生健康成人致死的嚴重危險，並為氣膠傳播。實驗室須特殊設計與建造，同時工作人員應接受處理致病性及致命物質特別訓練，且由具備相當經驗且適任的科學家監督管理。處理感染性物質的過程需在生物安全櫃中進行，或使用其它物理性防範裝置，或工作人員穿配恰當保護性衣著與裝置。
4. 生物安全第四類：生物病媒可能產生健康成人致死的嚴重危險，並且其傳播的方式與醫療的方法仍無法獲得。實驗室設於不同棟或同棟建築內的管制區域，嚴格管制實驗室門禁並完全與其他區域隔離，工作人員則必須接受處理極度危險的感染性物質的特別訓練，充分了解標準及特殊操作、設備、實驗室的防護功能，並由具備相當經驗且適任的科學家監督管理。在此級設施中的工作區，所有活動皆限於第三級生物安全櫃中；或於第二級生物安全櫃中， 工作人員穿著連身式具支持生命系統通風設備的正壓工作服。